Николай Ковалев — сын канцелярского служащего из Новочеркасска. В 1919 году 35-летний Николай Ковалев был рукоположен в сан иерея в Анапе.
В материалах архивного уголовного дела заведенного на отца Николая в Ленинграде в начале 1930-х годов, говорится, что в период нахождения в Анапе барона Врангеля, священник Николай Ковалев был избран городской думой в комиссию по защите населения от красных.
В 1934 году был арестован в Ленинграде, куда приехал жить и где совершал богослужения на дому. Как «социально опасного элемента» отца Николая приговорили к высылке из Ленинграда.
С 1935 по 1937 года находился в ссылке в городе Атбасаре Северо-Казахстанской области.
22 ноября 1937 года был арестован Атбасарским райотделом НКВД. На момент ареста был без определенных занятий. На допросе на требование следователя — рассказать о своей контрреволюционной деятельности — о.Николай ответил: «Контрреволюционной агитацией я никогда не занимался и виновным себя в этом не признаю».
28 ноября тройкой при УНКВД по Северо-Казахстанской области был приговорен к высшей мере наказания.
27 декабря 1937 года расстрелян.